翡翠的种指的是质地结构，水指的是透明度，色指的是翡翠的颜色。晶体结构越紧密，透明度越好，种水也就越好。按照等级高低，种主要分为玻璃种、冰种、糯种、豆种四类。翡翠的透明度分为透明，亚透明，半透明，微透明，不透明等五种。翡翠的颜色非常丰富，有红、绿、青、紫、蓝、黄、灰、白、黑等色，以绿色最为珍贵，包括祖母绿、玻璃绿、黄杨绿、浅杨绿、豆青绿、菠菜绿、蛤蟆绿、墨绿等等。
常见的翡翠种主要有老坑玻璃种、冰种、糯种、冰糯种、油青种、干青种、花青种、白底青种、芙蓉种、豆种、墨翠种等，若是翡翠的种水越好，表面的光泽就透亮，内部矿物颗粒就越小，看起来会给人一种晶莹剔透的感觉。翡翠的种水分布，若是从种水上划分的话，常见的翡翠主要有老坑玻璃种、冰种、糯种、冰糯种、油青种、干青种、花青种、白底青种、芙蓉种、紫罗兰种、豆种、墨翠种、红翡、黄翡等，其中以老坑玻璃种和冰种品质最好，透明度较高。 翡翠的种指的是透明度和水润程度，也是衡量翡翠品质好坏的重要条件，通常来说种水越好的翡翠，内部结构的矿物晶体颗粒越小，光泽感就更强，看起来给人一种冰清玉莹的感觉，价值也比较高。 正所谓外行看色、内行看种，一般种好的翡翠水头也很足，在灯光的照射下，会看出明显的荧光现象，内部看起来会比较通透，而人工合成的翡翠是没有荧光的，这也是区分翡翠真假的简单方法。
翡翠透明度划分有五个等级，第一等级为透明，属于中高档至高档的翡翠，中午的阳光能透进10毫米以上。第二等级为比较透明，中午的阳光能透进6-10毫米，有高档品也有中高档品。 第三等级为半透明，中午的阳光只能透进3-6毫米，无法透过翡翠看清背面物体的图像，一般属于中档的翡翠，在透射光下观察，可以发现翡翠内部构造不均匀，带有混浊感。 第四等级是微透明，中午的阳光只能透进1-3毫米，种色不好的翡翠属于中低档次，颜色好的可以成为中高档次。第五等级是不透明，光线完全不能透入，大多属于低档品。
按照成因翡翠的颜色，可以分为原生色和次生色。绿色、紫色、白色或近无色的属于原生色，所谓原生色就是翡翠在早期结晶过程中形成的颜色。次生色如红、黄两色，这两种颜色是在翡翠露出地表后，铁质渗入翡翠表面形成。次生色因为在翡翠结晶后于翡翠表面结晶形成，往往颜色部分较薄，所以称之为次生色。